Cơ cấu tổ chức của Trường Trung cấp nghề Vạn Ninh gồm:

- Hội đồng trường;

- Hiệu trưởng và không quá 02 Phó Hiệu trưởng;

- Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương;

+ Phòng Hành chính - Kế toán;

+ Phòng Đào tạo;

+ Trung tâm Giáo dục thường xuyên.

- Các khoa:

+ Khoa Du lịch - Nghiệp vụ;

+ Khoa Kỹ thuật - Công nghiệp.

- Các Hội đồng tư vấn (nếu có).