Cơ cấu tổ chức của Trường Trung cấp nghề Vạn Ninh gồm:
- Hội đồng trường;
- Hiệu trưởng và không quá 02 Phó Hiệu trưởng;
- Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương;
+ Phòng Hành chính - Kế toán;
+ Phòng Đào tạo;
+ Trung tâm Giáo dục thường xuyên.
- Các khoa:
+ Khoa Du lịch - Nghiệp vụ;
+ Khoa Kỹ thuật - Công nghiệp.
- Các Hội đồng tư vấn (nếu có).